种蛋消毒一般采纳熏蒸消毒，在孵化阶段应在搜集种蛋后、入孵后和验蛋后进行至少3次消毒。在出雏阶段应在种蛋进入出雏器和种蛋破壳出雏达10%-15%时进行2次消毒。
孵化、出雏用具的病原微生物污染是终年孵化累积构成的，种蛋和雏鸡被病原微生物污染与用具有亲近的联系。这些用具应该在建有盛蛋网的专用浸泡消毒池中，用消毒药液浸泡3小时之后，然后用清水冲刷洁净后再进行熏蒸消毒才干到达杀灭病原微生物的作用。
孵化厅应树立日常防疫和消毒准则，对进入孵化厅的人员、各类用具、运输工具等做消毒。在养鸡场应树立带鸡消毒准则，定时用刺激性小的消毒药物进行消毒。
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