为了削减细菌穿透蛋壳，种蛋产出后应立刻进行第一次消毒，所以要勤收种蛋，搜集后立刻消毒;需求运送的种蛋要在运送车内进行第2次消毒;入孵后可在入孵器内进行第三次消毒;种蛋移盘后在出雏器内进行第四次消毒。
种蛋的消毒办法许多，在生产中常用又便利操作有：(1)甲醛熏蒸：用40%的甲醛溶液和高锰酸钾按份额混合发生气体可敏捷有用的杀死病原体。第一次、第2次按每立方米用42ml甲醛加2lg高锰酸钾熏蒸20分钟，可杀死95%～98%的病原体;第三次在入孵器内按每立方米用28ml甲醛溶液、14g高锰酸钾消毒;第四次按每立方米用14ml甲醛溶液、7g高锰酸钾的浓度进行雏鸡熏蒸消毒。(2)过氧乙酸熏蒸：按每立方米用过氧乙酸溶液50ml、高锰酸钾5g熏蒸15分钟，可快速有用杀死大部分病原体。当然大型种鸡场还可用洗蛋消毒液，进行消毒。
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