我国孵化器发展的20多年历程里，政府为孵化器的建设和发展做了大量工作，从最初为孵化器提供物理空间，到现在由政府资金引导，为孵化器引入投融资机构，帮扶在孵企业成长。据统计，我国现拥有孵化器600多家，其中国家级孵化器200多家；在孵企业4万多家，从业人员80多万人，技工贸总收入约2600亿元。
不可否认，政府为孵化器的买单的情况至今还在延续。但是，政府引导、市场化运作的原则却始终是孵化器发展的必由之路。目前，已有非公有制企业创办的孵化器问世，汇龙森国际企业孵化（北京）有限公司就是这里面之一。汇龙森位于北京经济技术开发区核心区，是经科技部认定的国家级孵化器，其本身就是一家民营企业。
孵化器的背景虽然各不相同，而且也各有特色，各有各的生存方式。但是，他们和在孵企业一样，同样要经得起市场的检验。很多在孵企业不缺技术，不缺团队，最欠缺的是市场推广能力，那么，这就需要孵化器扮演好创业导师角色，带领企业走向市场。而在这样的一个过程中，孵化器本身也在加速市场化的进程，在公益定位之下寻求收益之道。
“不少孵化器里的小企业往往拥有很强的研发技术实力，但不知道如何让客户买单；还有部分企业每年的出售的收益很有限，而企业自身又不知道如何去放大收益，说到底还是因为这一些企业不会做市场。这就需要孵化器为公司可以提供一套市场解决方案。”汇龙森国际企业孵化器总裁朱强说，“而在这方面，具备市场运营经验的企业来运作孵化器相比政府单位要得心应手，因为企业更熟悉市场发展规律。”
创新工厂的成功也给了孵化器一个很好的发展启示。正是因为李开复为首的创业团队了解行业，知道市场需求，因此发挥管理专长，能够引导技术型企业按照市场规则办事，并帮企业提升产品研究开发周期、融资成果概率等。
我国孵化器中，政府和高校背景的孵化器仍然占据很大比例，一个不可回避的问题是，这些孵化器在帮企业市场化的过程中可能受到的约束会比较多。比如开拓市场需要大量资金，虽然政府有财政补贴，但分摊到每家小企业的金额非常有限。
近年来，为了更好地帮助中小企业开拓市场，孵化器也尝试拿出一部分自有资金来参与投资。北京理工创新高科技孵化器有限公司总经理郑云说：“我们最开始的投资资金是300万元，后来提高至500万元，考虑到孵化器里公司数，我们对一家公司的投资最少是10万元，最高20万元。我们一方面会兼顾孵化器别的企业的发展需要，另一方面也会尊重企业意见，选择在合适的时期退出来，这也是我们跟市场上投资机构的区别。”
通过帮企业开拓市场和引入风投，孵化器本身也在走向市场化。郑云说：“政府出钱建立孵化器，只是一个引导和过渡，孵化器早晚还得进入市场经济，谁有能力、经验、水平带领孵化器走下去，谁就能在市场经济过程中发展壮大。”
实际上，市场化是孵化器创新体制机制的第一步。各类孵化器逐步向企业化转型和过渡是发展的必然，更完善的服务平台、更专业的投资融资服务、更有力的管理团队这些新的要求都在推动孵化器市场化的步伐。
为了顺应市场形势，已经有不少孵化器走向企业化发展道路。比如中关村生物医药园，是一家国家级的专业孵化器，是北京海淀科技金融资本控股集团股份有限公司下属单位。不同于其他孵化器，中关村生物医药园本身就是一家完全市场化运作的企业。
“从2004年公司成立以来，最开始的那支创业团队是从海淀创业中心分离出来，这在某种程度上预示着他们放弃了事业单位的身份。”中关村生物医药园投资事业部部长王华说，“我们孵化器跟其他孵化器最大的不同之处在于孵化器的产权归属集团公司，房租收入也交予集团公司，孵化器只有平台服务性收入。”目前，大部分孵化器仍然依赖房租收入，而中关村生物医药园主要依赖技术服务、其他基础服务收入和政府补贴，基本能够维持运营。
孵化器是为初创公司可以提供公共产品的服务机构，很多孵化器在定位上是公益机构。从机构设置来看，中关村生物医药园是按照公益性机构来设计的，但是作为一家公司，其必然面临着盈利要求。
那么，公益性的孵化器该怎么样存活？“一般来说应该由政府来买单，但我们又不能完全靠政府，所以要通过增值服务获取收益。孵化器一方面要考虑公益性，为区域政府、为一方经济、为产业体系升级做出贡献；另一方面也要考虑自身生存，完全靠政府补贴救济并不是长久之计。政府给孵化器提供物理空间，未来的路需要孵化器自己摸索。”王华说。
位于清华科技园的启迪孵化器，虽然有高校背景，但采取的是企业化经营。“我们孵化器有业绩要求，这个要求来自我们的股东，启迪控股有限公司。”启迪创业孵化器有限公司总经理助理程方说，“孵化器虽然是公益性机构，但孵化器生存又需要有支撑。”
启迪孵化器有一些对外服务为其提供利润来源。比如启迪在线就是一家科技园行业的门户网站，为科技园区做信息化管理系统；启迪孵化器还为其他孵化器提供咨询和解决方案，这些都是由孵化器团队来实现的利润，以用来激励自身发展。
最初孵化器的建立由政府主导，为帮助创业企业营造良好的环境，定位是公益性，但随着孵化器的持续不断的发展和市场经济的必然要求，公益性不可能维持长久，那么就需要孵化器顺应市场发展，在公益基础上寻找对自己最合适的赢利点。“对于孵化器来说，我觉得收益不在眼下而在于未来。”王华认为，“我们做中关村生物医药园，就是公益性和公利性并存。”
